MOO : génotypage et diagnostic de virus sur vigne au sein du LPA - #52713

68000 COLMAR

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de L’UMR Santé de la Vigne et Qualité du Vin (SVQV), équipe Virologie et Vection.

La mission principale de la personne recrutée est de développer un test de diagnostic ciblé multiplex TaqmanTM sur plusieurs virus de V. vinifera. Il s’agit d’un projet déjà amorcé sur laquelle se positionner en appui technique pour confirmer des résultats préliminaires, et dépister une large collection d’échantillons (> 1500 extraits d’ARN).
MÉTHODOLOGIES MOBILISÉES
Techniques de biologie moléculaire utilisées pour le diagnostic de virus : extraction d’acides nucléiques, manipulation ARN, RT-qPCR (SYBRGreen et TaqmanTM), analyses séquençage Sanger, design de primers et sondes TaqmanTM. Rédaction de résultats, suivi et gestion d’un grand nombre d’échantillons, traçabilité et qualité.

CONTEXTE SCIENTIFIQUE

La vigne (Vitis vinifera), domestiquée il y a plus de 10 000 ans, est une des cultures agronomiques les plus importantes au monde. Actuellement, plus d’une centaine de virus sont décrits pour infecter la vigne, constituant un virome des plus diversifié (virus ARN, ADN, simple ou double brin et viroïdes).
Les techniques de diagnostic ciblé (biologie moléculaire et sérologie) complémentées par des méthodes plus récentes et sans a priori comme le séquençage à haut débit (HTS, High Throughput Sequencing) ont largement contribué à la description de ce virome ces dix dernières années.
L’étiologie des potentielles maladies associées à la présence de ces virus, souvent en contexte de co-infection reste largement à explorer.
Dans le cadre de ses activités de (1) diagnostic ciblé et HTS des virus infectant la vigne, et (2) de compréhension du virome de la vigne, INRAE Colmar associé à l’IFV pôle Alsace, au travers du LPA Vitivirobiome, recrute un(e) main-d’œuvre occasionnelle (MOO), basé(e) à Colmar dans les locaux d’INRAE.

Formations et compétences recherchées

Nous recherchons idéalement un(e) étudiant(e) avec des connaissances en virologie et biologie végétale, qui souhaite acquérir ou approfondir une expérience en laboratoire de recherche. Autonomie sur des expériences de RT-qPCR technologie Taqman requise (RT-qPCR en SYBRGreen additionnel). Curiosité pour la vigne et la viticulture sera un plus.
Avoir validé une licence ou IUT (biologie, biotechnologies…) ou être étudiant(e) en M1/M2 (virologie, biologie végétale, diagnostic…)
Aucune possibilité de rallonge de contrat, profil expérimenté s’abstenir.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

• jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
• d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
• de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
• d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
• de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
• d'activités sportives et culturelles ;
• d'une restauration collective.